Occupation de la ville et création du Ghetto
La ville fut occupée par les forces armées allemandes pendant trois ans : du 4 juillet 1941 au 8 juillet 1944.
Dès la prise de la ville les nazis chassèrent une centaine de Juifs dans la rue, les mirent en rang et les fusillèrent. Début décembre 1941 les Juifs furent obligés de se rassembler au tribunal de la ville. Ils y furent enfermés et durent y passer la nuit. Le matin du 8 décembre, des véhicules chargèrent les uns après les autres les Juifs vers le camp militaire. Toute la journée, furent entendus les bruits de la fusillade en provenance de ce camp. C'est ainsi que sur les 7 000 Juifs qui vivaient avant-guerre, il n'en resta plus vivants qu'environ 2 000 à 2 500. Le nombre de morts s'éleva à 4 500 Juifs. Les Juifs qui restaient en vie en décembre 1941 furent rassemblés dans deux ghettos : dans les rues Peresietskaïa et Minskaïa. Ces ghettos furent entourés de palissades en bois, renforcées par du fil de fer barbelé. Pour le travail, les Juifs allaient en ville.
Destruction du ghetto
Entre décembre 1941 et l'automne 1943, en tout 10 000 Juifs furent exterminés à Novogroudok. Les exécutions eurent lieu pour la plupart dans le village de Selets, sur la chaussée de Minsk.
Après le 8 décembre 1941 (premier jour de l'extermination de masse qui fit 4 500 morts), 2 990 Juifs furent encore assassinés durant les années 1942 et 1943.
La veille de la seconde « action » (c'est par un tel euphémisme que les nazis désignaient l'organisation de massacres de masse), dans le ghetto à Peresietskaïa le 7 août 1942, de nouvelles cartes de travail furent distribuées aux meilleurs artisans spécialisés. Les prisonniers du camp raccommodaient les uniformes de la Wehrmacht et cousaient des vêtements pour les gens de l'administration allemande sans quitter les murs du ghetto. Au début le ghetto était de type « ouvert ».
Le 7 mai 1943, 300 personnes furent fusillées, surtout des femmes et des enfants. Le ghetto de la rue Minskaïa fut à moitié détruit à l'automne 1943, tandis que celui de la rue Peresietskaïa le fut déjà en juillet 1942.
Les forces de la Wehrmacht prirent une part active à la destruction du ghetto de Novogroudok : la 7e compagnie et le 11e bataillon lituanien du 727e régiment d'infanterie apportèrent leur appui à l'extermination de 3 000 Juifs de Novogroudok.